Авионика Phenom 100 также одна из лучших в классе. На рынке entry-level джетов редко встречаются машины, сертифицированные для управления одним пилотом, где в распоряжении экипажа большие дисплеи, повышающие ситуационное оповещение, с эргономичными интерфейсами, сводящими к минимуму время взаимодействия с авионикой и снижающими нагрузку на пилотов. Автоматизированные системы позволяют сократить списки предполетной подготовки и, следовательно, время подготовки машины к вылету.
BMW Designworks USA в сотрудничестве с Embraer достигли великолепных результатов в эргономике машины. Широкая входная дверь с откидной лестницей – еще одна особенность Phenom 100, которую не найти среди одноклассников. Иллюминаторы щедрой площади расположены так, чтобы в салон попадал максимум света. Гардероб в передней части салона позволяет убрать крупную верхнюю одежду и до четырех ноутбуков. В качестве опции может быть установлен бортовой развлекательный центр, в стандартной комплектации салон оснащен держателями для журналов, пассажирскими столиками, плиссированными шторками, комфортными подлокотниками и приемником для отходов. Уборная с жесткой дверью расположена в кормовой части салона.
Объем багажного отделения Phenom 100 также впечатляет – два кубометра! В стандартной конфигурации самолет может перевозить до четырех пассажиров, в качестве опции можно заменить гардероб на пятое пассажирское сиденье. Также салон разделен на две температурные зоны, управляемые по отдельности.